La sede principale del Dipartimento di Scienze Chirurgiche e Anestesiologiche si trova presso il Padiglione 5 (Nuove Patologie) del Policlinico S.Orsola Malpighi.
Le altre sedi, che riguardano prevalentemente l'attività di ricerca, sono disclocate sempre all'interno del Policlinico S.Orsola Malpighi presso i seguenti padiglioni:
- Malpighi - Padiglione 1 Palagi
Unità Operativa di Urologia
Unità Operativa di Oftalmologia
- S.Orsola - Padiglione 28
Unità Operativa Chirurgia d’Urgenza